Mladá dívka Christine Daaé tančí v baletním souboru v opeře Opera Populaire. Při zkouškách nového kusu se primadona opery Carlotta náhle rozhodne, že už nehodlá účinkovat v divadle, které ovládá tajemný Duch opery. Ten totiž neustále stanovuje majitelům Opery úkoly, jak mají jeho Operu řídit (od pravidelného platu pro Fantoma až po uvolnění lóže č. 5 pro jeho potřebu).
Nešťastní majitelé nevědí, co dělat, a nemajíce co ztratit, rozhodnou se jako záskok za Carlottu vyzkoušet Christine, která se projeví svým krásným zpěvem a už za pár hodin zpívá před vyprodaným hledištěm. Nechce však prozradit, kdo je jejím skvělým učitelem, kterého nikdy neviděla a říká mu Anděl hudby. Po představení se však v její šatně Anděl – Fantom konečně zjeví a ona s ním jako ve snách odchází do podzemí, kde se má stát jeho ženou.
To Christine ale nechce a vrací se zpět na povrch, kde se chystá nová opera Il Muto. Podle pokynů v nových dopisech od Ducha opery se má v hlavní roli představit Christine, ředitelé Opery však, ze strachu, že navrátivší se Carlottu ztratí definitivně, raději dají Christine vedlejší, němou roli. Christine se navíc zamiluje do svého přítele z dětství vikomta Raoula de Chagny, nového patrona opery. Divadlo tak vinou zhrzeného Fantoma čeká série neštěstí: od ztraceného hlasu primadony přes oběšení kulisáře až po pád lustru a následný požár divadla.
Po půl roce, kdy vládne v Opeře zdánlivý klid, se Christine s Raoulem tajně zasnoubí. Divadlo vítá velkolepou Maškarádou nový rok i nový lustr a všichni se radují, že se Fantom konečně stáhl. Netuší, že pouze komponoval novou operu Don Juan, ve které má Christine hrát hlavní roli. Ze strachu z jeho další pomsty se tentokrát vše řídí pokyny v dopisech podepsaných D.O. Raoul se zatím dozvídá o Fantomově minulosti a přísahá mu zkázu, ačkoli však při premiéře Dona Juana zaujme veškerá bezpečnostní opatření, Fantomovi se opět podaří unést Christine do podzemí – tentokrát už napořád.
Raoul se okamžitě vydá Christine najít. To se mu podaří, bohužel ale padne přímo do rukou Fantomovi a ten dá Christine na výběr: buď se stane Fantomovou ženou a nebo on Raoula zabije. Christine se rozhodne pro Fantoma, aby Raoula zachránila, Fantom však pochopí jejich lásku, nechá je spolu a sám uteče rychleji, než ho jeho pronásledovatelé – zaměstnanci opery, kteří mu přišli na stopu – stačí lapit a zabít.
